Tác giả: Rong Li, Peng-Fei Ma, Jun Wen mail, Ting-Shuang Yi

Bối cảnh:

Họ Sâm (Araliaceae) có nhiều loài có ý nghĩa kinh tế rất quan trọng. Những nghiên cứu phân loại tiến hóa trước đây xoay quanh ba nhánh chính trong họ Sâm, nhưng mối quan hệ giữa các loài trong những nhóm này lại chưa được khám phá rõ ràng, có lẽ là do sự phân chủng diễn ra quá nhanh. Những nghiên cứu gần đây đã cho thấy việc nghiên cứu phát sinh tiến hóa dựa vào bộ gen lục lạp có thể giải quyết được những mối quan hệ phức tạp này.

Kết quả

Rong Li và đồng nghiệp đã giải trình tự hoàn thiện bộ gen lục lạp của 5 loài Araliaceae bằng công nghệ giải trình tự thế hệ mới. 5 bộ gen lục lạp này có độ dài từ 156,333 bp đến 156,459 bp; bao gồm các đoạn IR(25,551-26108 bp), LSC(86,028-86,566bp), SSC(18,021-19,117bp). Mỗi bộ gen có 114 gen khác nhau bao gồm 30 gen tRNA, 4 gen rRNA và 80 gen mã hóa protein. Kích thước gen, thành phần, thứ tự, thành phần AT và cấu trúc vùng biên giữa đoạn IR và SC là tương tự nhau giữa bộ gen lục lạp của các loài Araliaceae. Tổng cộng có 140 đoạn lặp được xác định trên 5 bộ gen, các đoạn lặp palindromic (những đoạn sắp xếp theo thứ tự xuôi hay ngược đều giống nhau) là phổ biến nhất. Phân tích tiến hóa bằng suy luận Bayesian, suy luận hợp lỹ và thuật toán hà tiện dựa trên các bộ gen lục lạp cho thấy sự phát sinh ngành của nhóm Asian Palmate và Aralia-Panax

Full article

Trang www.bioinformatics.vn được xây dựng và phát triển bởi Phòng Tin sinh học (LoBi), Viện CNSH, VAST.

Nghiên cứu

Chúng tôi nghiên cứu và phân tích dữ liệu thu được từ thiết bị đọc trình tự thế hệ mới (Next Generation Sequencing như là Illumina, ionTorrent PGM, Solid 454, ...) với các định hướng chính sau:

  • Genomics: lắp ráp, chú giải và lập bản đồ hệ gen (de novo), phân tích hệ gen (re-sequencing / targeted sequencing) như phân tích đa hình đơn điểm (SNP), INDEL, ...
  • Metagenomics: Đánh giá đa dạng và chú giải chức năng hệ gen của hệ vi sinh vật môi trường.
  • Transcriptomics: Lắp ráp, chú giải hệ phiên mã (de novo), đánh giá biểu hiện, phân tích chức năng hệ phiên mã.

Đào tạo

Với mong muốn tạo ra cộng đồng Tin sinh học Việt Nam đông và mạnh, chúng tôi luôn mong muốn chia sẻ kiến thức và kinh nghiệm thu được trong suốt quá trình nghiên cứu, thực hiện dự án Tin sinh học với tất cả các bạn, các đồng nghiệp quan tâm. Chúng tôi đã xây dựng và triển khai thành công các khóa học:

  • Tin sinh học: Lắp ráp, dự đoán, chú giải và phân tích hệ gen.
  • Tin sinh học: Phân tích và đánh giá biểu hiện hệ phiên mã bằng RNA-seq

Dịch vụ

Chi phí đọc trình tự bằng công nghệ NGS ngày càng rẻ sẽ là động lực làm gia tăng các dự án Tin sinh học trong nước. Tuy nhiên, việc xây dựng ý tưởng, giải pháp khả thi và triển khai dự án TSH còn khá mới ở Việt Nam. Vì vậy, với kinh nghiệm xây dựng và triển khai thành công nhiều dự án TSH, chúng tôi luôn sẵn sàng chia sẻ và hỗ trợ với các dịch vụ:

  • Tư vấn: Xây dựng ý tưởng, phương án khả thi
  • Phân tích dữ liệu: Với hệ thống máy chủ tính toán hiệu năng cao, chúng tôi luôn sẵn sàng xử lý các khối dữ liệu sinh học khổng lồ giúp bạn. 

Xem Danh sách dịch vụ

Chúng tôi luôn mong muốn cùng cộng tác với các cơ quan, tổ chức để phát triển các dự án Tin sinh học và đào tạo nguồn nhân lực cho Tin sinh học Việt Nam. 

Xin vui lòng liên hệ:

TS. Nguyễn Cường
Trưởng phòng, Phòng Tin sinh học, 
Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam.
P.208, Nhà B4, 18 Hoàng Quốc Việt, Cầu giấy, Hà Nội.
Email: cuongnguyen(at)ibt.ac.vn