A brief introduction

Lab of Bioinformatics (LoBI) was established in 2013 as a part of Institute of Biotechnology, Vietnam Academy of Science and Technology.

LoBI has deployed analytical tools and computational techniques for biology research. Our motivation is to play a key role in supporting groundbreaking research through close collaborations with experimental and clinical groups within and outside Institute of Biotechnology. We emphasize a multi-disciplinary approach to analyze and mine data generated by Next Generation Sequencing technology (Illumina MiSeq, HiSeq, ionTorrent PGM, Solid 454…). Characteristic tasks of LoBI are carrying out data QC, statistical analysis, integration and visualization of data from multiple platforms; developing data analysis strategies and contributing to design and implementation of analysis pipelines using best-of-breed bioinformatics software packages. Currently, our research interest lies in the following topics.

Phòng Tin sinh học (Laboratory of Bioinformatics - LOBI), Viện Công nghệ sinh học (IBT), Việt Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam (VAST) được thành lập ngày 01/07/2013 theo quyết định số 292/QĐ-CNSH.

Nghiên cứu

LOBI tập trung nghiên cứu cơ bản và ứng dụng Tin sinh học trong các lĩnh vực nghiên cứu cụ thể như omics (hệ gen - genomics, hệ phiên mã - transcriptomics, đa hệ gen vi sinh vật - metagenomics), thiết kế thuốc, sinh học tính toán (computational biology), ...

Các định hướng nghiên cứu cụ thể đã và đang được triển khai bởi LOBI bao gồm xây dựng de novo hệ gen (de novo assembly genome), phân tích biểu hiện gen (RNA-seq), phân tích và đánh giá đa dạng loài vi sinh vật (metagenomics) và GWAS. 

Nghiên cứu và phát triển thuật toán cũng như phần mềm để phân tích Tin sinh học cũng là một trong các định hướng quan trọng của LOBI nhằm nâng cao năng lực nghiên cứu.

Đào tạo

- Đào tạo thực tập sinh: LOBI luôn nhận các thực tập sinh là các sinh viên ngành sinh học và khoa học máy tính đến thực tập. Các thực tập sinh được đào tạo, thực hành trên dữ liệu thực với hệ thống máy chủ tính toán hiệu năng cao HPC của LOBI.

- Khóa học thường niên: Hàng năm, LOBI đều tổ chức một loạt các khóa học Tin sinh học với thiết kế nội dung mang đậm tính thực hành giúp cho học viên có được trải nghiệm tốt với Tin sinh học.

- Khóa học theo yêu cầu: Ngoài ra, LOBI cũng cung cấp các khóa học tại chỗ theo yêu cầu cụ thể của các cá nhân, tổ chức. Vui lòng liên hệ cuongnguyen (at) ibt (dot) ac (dot) vn.  

Dịch vụ

Chi phí cho việc đọc trình tự hệ gen, hệ phiên mã hoặc genotyping với SNP bằng công nghệ đọc trình tự thế hệ mới (next generation sequencing, illumina MiSeq, HiSeq, ..) ngày càng rẻ sẽ là động lực chính giúp cho việc nghiên cứu và ứng dụng hệ gen, hệ phiên mã tại Việt Nam trở nên dễ dàng. Nhưng, với sự phức tạp cũng như độ lớn của dữ liệu trình tự thu được thì việc xây dựng thiết kế thí nghiệm, sử dụng các công cụ phân tích Tin sinh phù hợp sẽ là bài toán khó với hầu hết các nhà sinh học phân tử. 

Do đó, LOBI luôn mong muốn được đồng hành với các nhóm nghiên cứu để giải quyết các khó khăn về việc thiết kế thí nghiệm, phân tích dữ liệu. Vui lòng liên hệ cuongnguyen (at) ibt (dot) ac (dot) vn để trao đổi chi tiết.

Hệ thống máy chủ tính toán hiệu năng cao HPC

Hệ thống máy chủ HPC của LOBI gồm 12 servers có cấu hình cao (CPU 32 lõi, RAM 192GB, HDD: 200TB) được kết nối với nhau vừa có thể hoạt động độc lập, vừa có thể kết hợp để giải quyết được hầu hết các bài toán Tin sinh học từ nhỏ tới lớn.

Các dự án, đề tài khoa học

Giải trình tự hệ gen loài vi tảo biển dị dưỡng của Việt Nam Schizochytrium mangrovei PQ6. 
Đề tài cấp nhà nước KC04. Giải trình tự toàn bộ hệ gen của vi tảo PQ6 bằng thiết bị đọc trình tự thế hệ mới, sau đó tiến hành xây dựng bản đồ hệ gen của loài vi tảo này.

Phân tích metagenomics thu từ ruột mối.
Đề tài nghị định thư. Đọc trình tự toàn bộ hệ gen của Hệ vi sinh có trong ruột mới, lắp ráp, dự đoán gen và phân tích chức năng để tìm ra các gen mới cũng như gen đích cần quan tâm.

Phân tích metagenomics thu từ đất rừng nguyên sinh.
Đề tài cơ sở. Đọc trình tự toàn bộ hệ gen của Hệ vi sinh có trong ruột mới, lắp ráp, dự đoán gen và phân tích chức năng để tìm ra các gen mới cũng như gen đích cần quan tâm.

Nghiên cứu, xây dựng CSDL nguồn gen phục vụ công tác tra cứu, quản lý bằng công nghệ BigData.
Đề tài cấp bộ. Xây dựng CSDL ngân hàng gen phục vụ các nhiệm vụ của tỉnh Phú Thọ.

Trang www.bioinformatics.vn được xây dựng và phát triển bởi Phòng Tin sinh học (LoBi), Viện CNSH, VAST.

Nghiên cứu

Chúng tôi nghiên cứu và phân tích dữ liệu thu được từ thiết bị đọc trình tự thế hệ mới (Next Generation Sequencing như là Illumina, ionTorrent PGM, Solid 454, ...) với các định hướng chính sau:

  • Genomics: lắp ráp, chú giải và lập bản đồ hệ gen (de novo), phân tích hệ gen (re-sequencing / targeted sequencing) như phân tích đa hình đơn điểm (SNP), INDEL, ...
  • Metagenomics: Đánh giá đa dạng và chú giải chức năng hệ gen của hệ vi sinh vật môi trường.
  • Transcriptomics: Lắp ráp, chú giải hệ phiên mã (de novo), đánh giá biểu hiện, phân tích chức năng hệ phiên mã.

Đào tạo

Với mong muốn tạo ra cộng đồng Tin sinh học Việt Nam đông và mạnh, chúng tôi luôn mong muốn chia sẻ kiến thức và kinh nghiệm thu được trong suốt quá trình nghiên cứu, thực hiện dự án Tin sinh học với tất cả các bạn, các đồng nghiệp quan tâm. Chúng tôi đã xây dựng và triển khai thành công các khóa học:

  • Tin sinh học: Lắp ráp, dự đoán, chú giải và phân tích hệ gen.
  • Tin sinh học: Phân tích và đánh giá biểu hiện hệ phiên mã bằng RNA-seq

Dịch vụ

Chi phí đọc trình tự bằng công nghệ NGS ngày càng rẻ sẽ là động lực làm gia tăng các dự án Tin sinh học trong nước. Tuy nhiên, việc xây dựng ý tưởng, giải pháp khả thi và triển khai dự án TSH còn khá mới ở Việt Nam. Vì vậy, với kinh nghiệm xây dựng và triển khai thành công nhiều dự án TSH, chúng tôi luôn sẵn sàng chia sẻ và hỗ trợ với các dịch vụ:

  • Tư vấn: Xây dựng ý tưởng, phương án khả thi
  • Phân tích dữ liệu: Với hệ thống máy chủ tính toán hiệu năng cao, chúng tôi luôn sẵn sàng xử lý các khối dữ liệu sinh học khổng lồ giúp bạn. 

Xem Danh sách dịch vụ

Chúng tôi luôn mong muốn cùng cộng tác với các cơ quan, tổ chức để phát triển các dự án Tin sinh học và đào tạo nguồn nhân lực cho Tin sinh học Việt Nam. 

Xin vui lòng liên hệ:

TS. Nguyễn Cường
Trưởng phòng, Phòng Tin sinh học, 
Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam.
P.208, Nhà B4, 18 Hoàng Quốc Việt, Cầu giấy, Hà Nội.
Email: cuongnguyen(at)ibt.ac.vn