Whole Genome Sequencing (WGS), Whole Exome Sequencing (WES) để làm gì?

WGS/WES cho phép tìm kiếm và xác định các biến dị di truyền SNP, InDel, CNV, SV, ... có trong cá thể, quẩn thể đối với những loài đã có hệ gen tham chiếu. Việc phát hiện các biến dị di truyền có rất nhiều ứng dụng. Ví dụ như phát hiện các biến dị gây ra bệnh di truyền đã biết từ đó tiến hành sàng lọc ung thư/bệnh di truyền sớm (đọc thêm) hoặc theo dõi đáp ứng điều trị; cung cấp các biến dị cho nghiên cứu GWAS, chú giải, ...; đánh giá đa dạng quần thể bằng cách xác định tuần số allen; ...

Phòng Tin sinh học đã và đang triển khai các khóa học và workshop nhằm giúp đỡ và định hướng cho các cá nhân hoặc tổ chức quan tâm đến phân tích dữ liệu tin sinh học thông lượng cao. Khóa học của phòng Tin sinh học bao trùm rất nhiều chủ đề và kiến thức từ giới thiệu môi trường tính toán trên hệ điều hành Linux cho đến phân tích dữ liệu giải trình tự thế hệ mới ở mức độ hệ gen cũng như hệ phiên mã. Với mỗi khóa học tổ chức, học viên sẽ được hướng dẫn bằng bài giảng lý thuyết và bài tập thực hành dựa trên dữ liệu thực tế từ các nghiên cứu tại phòng Tin sinh học.

Chi tiết các khóa học mà phòng Tin sinh học đã tổ chức: http://tinsinhhoc.org/index.php/%C4%91%C3%A0o-t%E1%BA%A1o.html

Trang www.bioinformatics.vn được xây dựng và phát triển bởi Phòng Tin sinh học (LoBi), Viện CNSH, VAST.

Nghiên cứu

Chúng tôi nghiên cứu và phân tích dữ liệu thu được từ thiết bị đọc trình tự thế hệ mới (Next Generation Sequencing như là Illumina, ionTorrent PGM, Solid 454, ...) với các định hướng chính sau:

  • Genomics: lắp ráp, chú giải và lập bản đồ hệ gen (de novo), phân tích hệ gen (re-sequencing / targeted sequencing) như phân tích đa hình đơn điểm (SNP), INDEL, ...
  • Metagenomics: Đánh giá đa dạng và chú giải chức năng hệ gen của hệ vi sinh vật môi trường.
  • Transcriptomics: Lắp ráp, chú giải hệ phiên mã (de novo), đánh giá biểu hiện, phân tích chức năng hệ phiên mã.

Đào tạo

Với mong muốn tạo ra cộng đồng Tin sinh học Việt Nam đông và mạnh, chúng tôi luôn mong muốn chia sẻ kiến thức và kinh nghiệm thu được trong suốt quá trình nghiên cứu, thực hiện dự án Tin sinh học với tất cả các bạn, các đồng nghiệp quan tâm. Chúng tôi đã xây dựng và triển khai thành công các khóa học:

  • Tin sinh học: Lắp ráp, dự đoán, chú giải và phân tích hệ gen.
  • Tin sinh học: Phân tích và đánh giá biểu hiện hệ phiên mã bằng RNA-seq

Dịch vụ

Chi phí đọc trình tự bằng công nghệ NGS ngày càng rẻ sẽ là động lực làm gia tăng các dự án Tin sinh học trong nước. Tuy nhiên, việc xây dựng ý tưởng, giải pháp khả thi và triển khai dự án TSH còn khá mới ở Việt Nam. Vì vậy, với kinh nghiệm xây dựng và triển khai thành công nhiều dự án TSH, chúng tôi luôn sẵn sàng chia sẻ và hỗ trợ với các dịch vụ:

  • Tư vấn: Xây dựng ý tưởng, phương án khả thi
  • Phân tích dữ liệu: Với hệ thống máy chủ tính toán hiệu năng cao, chúng tôi luôn sẵn sàng xử lý các khối dữ liệu sinh học khổng lồ giúp bạn. 

Xem Danh sách dịch vụ

Chúng tôi luôn mong muốn cùng cộng tác với các cơ quan, tổ chức để phát triển các dự án Tin sinh học và đào tạo nguồn nhân lực cho Tin sinh học Việt Nam. 

Xin vui lòng liên hệ:

TS. Nguyễn Cường
Trưởng phòng, Phòng Tin sinh học, 
Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam.
P.208, Nhà B4, 18 Hoàng Quốc Việt, Cầu giấy, Hà Nội.
Email: cuongnguyen(at)ibt.ac.vn