Tin sinh học (BIC15-RNA-seq): Phân tích đánh giá biểu hiện hệ phiên mã bằng RNA-seq

Mục tiêu

  • Khóa học được xây dựng giúp cho học viên nắm được những khái niệm, nguyên lý, quy trình sau:
  • Khái niệm và các bài toán điển hình trong Tin sinh học
  • Đánh giá chất lượng và tiền xử lý dữ liệu RNA-seq từ máy giải trình tự thế hệ mới
  • Ánh xạ dữ liệu trình tự trong RNA-seq
  • Phân tích biểu hiện RNA-seq với các công cụ hiện có.

Khóa học được xây dựng theo hướng Hands-on, các học viên sẽ được thực hành trên dữ liệu thực là chính. Chúng tôi sẽ cung cấp tập dữ liệu thực tế, cùng với tài khoản trên máy chủ tính toán hiệu năng của của Viện công nghệ sinh học để các học viên thực hành trực tiếp trên dữ liệu thực.

Yêu cầu

-          Kiến thức chuyên môn

  • Sinh học: nắm được các kiến thức cơ bản về quá trình phiên mã, cấu trúc mRNA, vai trò của chúng, …
  • Tin học: Không bắt buộc nhưng nếu biết về hệ điều hành Linux thì sẽ dễ dàng hơn.

-          Trang thiết bị

  • Máy tính cá nhân Laptop có cấu hình bình thường. Chúng tôi sẽ cung cấp tài khoản để học viên thực hành trên máy chủ mạnh tính toán hiệu năng cao của Viện CNSH. Tài khoản máy chủ sẽ được duy trì 1 tuần sau khóa học để học viên có thể thực hành lại bài tập ở nhà.

Nội dung

STT Nội dung Ghi chú
1 Tổng quan Tin sinh học
  • Khái niệm tin sinh học
  • Hệ gen học, Hệ phiên mã học, Hệ protein học
  • Sinh học hệ thống, hệ tương tác protein
 
2

Công nghệ đọc trình tự thế hệ mới NGS

  •          Khái niệm NGS
  •         Các thiết bị phổ biến hiện nay
  •         Tổng quan về dịch vụ NGS ở Việt Nam
 
3

Làm quen môi trường hệ điều hành Ubuntu

  •           Làm quen với các lệnh cơ bản và các phần mềm tin sinh cần thiết
Để đảm bảo việc làm quen hệ điều hành Ubuntu, ánh xạ trình tự cũng như phân tích biểu hiện, các học viên sẽ được cung cấp tài khoản trên máy chủ tính toán hiệu năng cao HPC để thực hiện các nội dung 3, 4, 5, 6.
4

Đánh giá và tiền xử lý dữ liệu trình tự RNA-seq

  •          Đánh giá chất lượng dữ liệu giải trình tự với FastQC
  •         Tiền xử lý chất lượng với phần mềm Trimmomatic
 
5

Ánh xạ trình tự (mapping)

  •           Ánh xạ dữ liệu giải trình tự vào hệ gene tham chiếu bằng phần mềm Tophat
 
6

Phân tích biểu hiện

  •           Đo biểu hiện bằng công cụ cuffdiff
  •         Phân tích biểu hiện chức năng gene bằng Gorilla (Gene Ontology)
 

Đánh giá

  • Học viên được đánh theo tiến độ và khối lượng công việc hoàn thành.
  • Học viên sẽ được cấp Chứng nhận tham gia khóa học do viện trưởng Viện Công nghệ sinh học ký.

Giảng viên

Giảng viên:

  • TS. Nguyễn Cường, Trưởng phòng Tin sinh học, Viện CNSH, Viện Hàn lâm KH&CN VN
  • TS. Dương Quốc Chính, Viện Huyết học truyền máu trung ương 

Trợ giảng:    

  • Nguyễn Văn Lâm
  • Phạm Quang Huy
  • Nguyễn Quốc Đại

Các mốc thời gian quan trọng

Ngày Hành động Ghi chú
10/6 đến 17/6/2015 Đăng ký Đăng ký online theo đường dẫn: http://goo.gl/forms/ctrQ5KgVeQ
18/6 Thông báo chấp nhận 15 người, thông báo qua email
19/6 đến 23/6 Nộp tiền Chuyển khoản
27 tháng 6 Học Thứ 7

Lịch học

  Sáng (8h-11h30) Chiều (1h30-5h00)

Ngày thứ 7

(27/6/2015)

  • Giới thiệu Khóa học
  • Công nghệ giải trình tự thế hệ mới NGS
  • Làm quen môi trường hệ điều hành Linux và các công cụ tin sinh
  •  Đánh giá và tiền xử lý dữ liệu RNA-seq
  • Ánh xạ trình tự tham chiếu
  • Phân tích biểu hiện

Chú ý: lịch học có thể thay đổi theo tình hình thực tế.

Địa điểm học:

Phòng 206, Nhà B4, Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn Lâm Khoa học & Công nghệ Việt Nam
18 Hoàng Quốc Việt, Cầu giấy, Hà Nội.


Email:cuongnguyen@ibt.ac.vn

Đăng ký

  • Số lượng học viên tối đa: 20. Ưu tiên các học viên đăng ký sớm.
  • Đăng ký: truy cập google form tại http://goo.gl/forms/ctrQ5KgVeQ và làm theo hướng dẫn
  • Nộp học phí: Chúng tôi sẽ có thông báo hướng dẫn nộp học phí qua email.

 

Trang www.bioinformatics.vn được xây dựng và phát triển bởi Phòng Tin sinh học (LoBi), Viện CNSH, VAST.

Nghiên cứu

Chúng tôi nghiên cứu và phân tích dữ liệu thu được từ thiết bị đọc trình tự thế hệ mới (Next Generation Sequencing như là Illumina, ionTorrent PGM, Solid 454, ...) với các định hướng chính sau:

  • Genomics: lắp ráp, chú giải và lập bản đồ hệ gen (de novo), phân tích hệ gen (re-sequencing / targeted sequencing) như phân tích đa hình đơn điểm (SNP), INDEL, ...
  • Metagenomics: Đánh giá đa dạng và chú giải chức năng hệ gen của hệ vi sinh vật môi trường.
  • Transcriptomics: Lắp ráp, chú giải hệ phiên mã (de novo), đánh giá biểu hiện, phân tích chức năng hệ phiên mã.

Đào tạo

Với mong muốn tạo ra cộng đồng Tin sinh học Việt Nam đông và mạnh, chúng tôi luôn mong muốn chia sẻ kiến thức và kinh nghiệm thu được trong suốt quá trình nghiên cứu, thực hiện dự án Tin sinh học với tất cả các bạn, các đồng nghiệp quan tâm. Chúng tôi đã xây dựng và triển khai thành công các khóa học:

  • Tin sinh học: Lắp ráp, dự đoán, chú giải và phân tích hệ gen.
  • Tin sinh học: Phân tích và đánh giá biểu hiện hệ phiên mã bằng RNA-seq

Dịch vụ

Chi phí đọc trình tự bằng công nghệ NGS ngày càng rẻ sẽ là động lực làm gia tăng các dự án Tin sinh học trong nước. Tuy nhiên, việc xây dựng ý tưởng, giải pháp khả thi và triển khai dự án TSH còn khá mới ở Việt Nam. Vì vậy, với kinh nghiệm xây dựng và triển khai thành công nhiều dự án TSH, chúng tôi luôn sẵn sàng chia sẻ và hỗ trợ với các dịch vụ:

  • Tư vấn: Xây dựng ý tưởng, phương án khả thi
  • Phân tích dữ liệu: Với hệ thống máy chủ tính toán hiệu năng cao, chúng tôi luôn sẵn sàng xử lý các khối dữ liệu sinh học khổng lồ giúp bạn. 

Xem Danh sách dịch vụ

Chúng tôi luôn mong muốn cùng cộng tác với các cơ quan, tổ chức để phát triển các dự án Tin sinh học và đào tạo nguồn nhân lực cho Tin sinh học Việt Nam. 

Xin vui lòng liên hệ:

TS. Nguyễn Cường
Trưởng phòng, Phòng Tin sinh học, 
Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam.
P.208, Nhà B4, 18 Hoàng Quốc Việt, Cầu giấy, Hà Nội.
Email: cuongnguyen(at)ibt.ac.vn