Mục tiêu

Khóa học được xây dựng giúp cho học viên nắm được những khái niệm, nguyên lý, quy trình sau:

  • Khái niệm và các bài toán điển hình trong Tin sinh học
  • Công nghệ đọc trình tự thế hệ mới NGS
  • Lắp ráp trình tự ngắn để thu được các đoạn contigs và scaffolds (De novo Assembly and Scaffolding)
  • Dự đoán gen với các phương pháp Ab initio và Evidence based
  • Chú giải gen với các cơ sở dữ liệu như là NCBI NR, Gene Ontology, KEGG

Khóa học được xây dựng theo hướng Hands-on, các học viên sẽ được thực hành trên dữ liệu thực là chính. Chúng tôi sẽ cung cấp tập dữ liệu thực tế, cùng với tài khoản trên máy chủ tính toán hiệu năng của của Viện công nghệ sinh học để các học viên thực hành trực tiếp trên dữ liệu thực.

Yêu cầu

  • Kiến thức chuyên môn
    • Sinh học: Nắm được kiến thức sinh học phân tử như là cấu trúc nhiếm sắc thể, trình tự DNA, cấu trúc gene, khái niệm các con đường trao đổi chất, …
    • Tin học: Không bắt buộc nhưng nếu biết về hệ điều hành Linux thì sẽ dễ dàng hơn.
  • Trang thiết bị
    • Máy tính cá nhân có cấu hình trung bình để thực hành Nội dung 2. Với các nội dung cần tính toán nhiều, Chúng tôi sẽ cung cấp tài khoản truy cập tới máy chủ tính toán hiệu năng cao để phân tích.

Nội dung

STT Nội dung Ghi chú
1 Tổng quan Tin sinh học
  • Khái niệm
  • Hệ gen học, Hệ phiên mã học, Hệ protein học
  • Sinh học hệ thống, hệ tương tác protein
 
2

Làm quen môi trường hệ điều hành Ubuntu

  • Cài đặt hệ điều hành Ubuntu
  • Làm quen với các lệnh cơ bản
  • Cài đặt các công cụ Tin sinh học cần thiết cho khóa học
Học viên sẽ được thực hành
toàn bộ nội dung trên
máy tính cá nhân.
3

Công nghệ đọc trình tự thế hệ mới NGS

  • Khái niệm NGS
  • Các thiết bị phổ biến hiện nay
  • Tổng quan về dịch vụ NGS ở Việt Nam
 
4

Lắp ráp contigs và scaffolds

  • Khái niệm lắp ráp De novo
  • Lắp ráp với thuật toán OLC
  • Lắp ráp với thuật toán De bruijn
  • Các công cụ hiện hành
Để đảm bảo việc phân tích,
lắp ráp tốt, các học viên sẽ
được cung cấp tài khoản trên
máy chủ tính toán hiệu năng cao HPC
để thực hiện các nội dung 4, 5, 6.
5

Dự đoán gene

  • Dự đoán Ab initio
  • Dụ đoán Evidence-based
  • Phần mềm Maker
  • Kiểm chứng mô hình gene
 
6

Chú giải gene

  • Các cơ sở dữ liệu NCBI NR, GO, KEGG
  • Blast với NR
  • Blast2GO
  • KEGG analysis
 

Đánh giá

  • Học viên được đánh theo tiến độ và khối lượng công việc hoàn thành.
  • Học viên sẽ được cấp Chứng nhận tham gia khóa học do viện trưởng Viện Công nghệ sinh học ký.

Giảng viên

Giảng viên:   

  • TS. Nguyễn Cường, Trưởng phòng Tin sinh học, Viện Công nghệ sinh học, VAST
  • TS. Dương Quốc Chính, Viện Huyết học và Truyền máu TW

Trợ giảng:     

  • Nguyễn Văn Lâm
  • Phạm Quang Huy
  • Nguyễn Quốc Đại

Các mốc thời gian quan trọng

Ngày Hành động Ghi chú
11/4 đến 20/4/2015 Đăng ký Google form: http://goo.gl/forms/Rx1xnNgbD8
21/4 Thông báo
chấp nhận
Tối đa 15 người, ưu tiên đăng ký sớm.
Thông báo qua email
22/4 đến 25/4 Nộp tiền Chuyển khoản
8, 9, 10 tháng 5 Học Thứ 6, thứ 7 và Chủ Nhật

Lịch học

  Sáng (8h-11h30) Chiều (1h30-5h00)
Ngày thứ nhất
  • Giới thiệu Khóa học
  • Làm quen môi trường hệ điều hành Linux
  • Làm quen môi trường hệ điều hành Linux
  • Công nghệ đọc trình tự thế hệ mới NGS
Ngày thứ hai
  • Lắp ráp trình tự ngắn
  • Lắp ghép Scaffolds
  • Dự đoán gene
Ngày thứ ba
  • Chú giải gene
  • Chú giải gene

Chú ý: lịch học có thể thay đổi theo tình hình thực tế.

Địa điểm học:

Phòng 206, Nhà B4, Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn Lâm Khoa học & Công nghệ Việt Nam
18 Hoàng Quốc Việt, Cầu giấy, Hà Nội.
Email:        cuongnguyen@ibt.ac.vn

Học phí

Đối tượng Học phí khóa học (VND)
Sinh viên đại học, thạc sỹ 500.000
Cán bộ nghiên cứu, giảng dạy, Nghiên cứu sinh 1.500.000
Cán bộ nghiên cứu Viện CNSH 1.000.000
Khác (Công ty, bệnh viện, …) 2.500.000
  • Học phí đã bao gồm chi phí in ấn tài liệu, trà, cà phê, ăn trưa, …
  • Sinh viên đại học và Thạc sỹ cần có thẻ sinh viên hoặc giấy xác nhận. Nếu không sẽ tính thành nhóm Khác.

Đăng ký

  • Số lượng học viên: 10-15. Ưu tiên các học viên đăng ký sớm.
  • Đăng ký: vui lòng điền google form: http://goo.gl/forms/Rx1xnNgbD8.
  • Nộp học phí: Chúng tôi sẽ có thông báo hướng dẫn nộp học phí qua email.

 

Trang www.bioinformatics.vn được xây dựng và phát triển bởi Phòng Tin sinh học (LoBi), Viện CNSH, VAST.

Nghiên cứu

Chúng tôi nghiên cứu và phân tích dữ liệu thu được từ thiết bị đọc trình tự thế hệ mới (Next Generation Sequencing như là Illumina, ionTorrent PGM, Solid 454, ...) với các định hướng chính sau:

  • Genomics: lắp ráp, chú giải và lập bản đồ hệ gen (de novo), phân tích hệ gen (re-sequencing / targeted sequencing) như phân tích đa hình đơn điểm (SNP), INDEL, ...
  • Metagenomics: Đánh giá đa dạng và chú giải chức năng hệ gen của hệ vi sinh vật môi trường.
  • Transcriptomics: Lắp ráp, chú giải hệ phiên mã (de novo), đánh giá biểu hiện, phân tích chức năng hệ phiên mã.

Đào tạo

Với mong muốn tạo ra cộng đồng Tin sinh học Việt Nam đông và mạnh, chúng tôi luôn mong muốn chia sẻ kiến thức và kinh nghiệm thu được trong suốt quá trình nghiên cứu, thực hiện dự án Tin sinh học với tất cả các bạn, các đồng nghiệp quan tâm. Chúng tôi đã xây dựng và triển khai thành công các khóa học:

  • Tin sinh học: Lắp ráp, dự đoán, chú giải và phân tích hệ gen.
  • Tin sinh học: Phân tích và đánh giá biểu hiện hệ phiên mã bằng RNA-seq

Dịch vụ

Chi phí đọc trình tự bằng công nghệ NGS ngày càng rẻ sẽ là động lực làm gia tăng các dự án Tin sinh học trong nước. Tuy nhiên, việc xây dựng ý tưởng, giải pháp khả thi và triển khai dự án TSH còn khá mới ở Việt Nam. Vì vậy, với kinh nghiệm xây dựng và triển khai thành công nhiều dự án TSH, chúng tôi luôn sẵn sàng chia sẻ và hỗ trợ với các dịch vụ:

  • Tư vấn: Xây dựng ý tưởng, phương án khả thi
  • Phân tích dữ liệu: Với hệ thống máy chủ tính toán hiệu năng cao, chúng tôi luôn sẵn sàng xử lý các khối dữ liệu sinh học khổng lồ giúp bạn. 

Xem Danh sách dịch vụ

Chúng tôi luôn mong muốn cùng cộng tác với các cơ quan, tổ chức để phát triển các dự án Tin sinh học và đào tạo nguồn nhân lực cho Tin sinh học Việt Nam. 

Xin vui lòng liên hệ:

TS. Nguyễn Cường
Trưởng phòng, Phòng Tin sinh học, 
Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam.
P.208, Nhà B4, 18 Hoàng Quốc Việt, Cầu giấy, Hà Nội.
Email: cuongnguyen(at)ibt.ac.vn